Mikrokontroler bekerja berdasarkan instruksi-instruksi yang diberikan kepadanya. Pada mikrokontroler hanya ada satu program yang dapat bekerja dan mikrokontroler mengerjakan instruksi yang diberikan dalam alur yang berurutan dan merupakan sebuah siklus. Untuk memrogram mikrokontroler dapat menggunakan bahasa Assembly atau bahasa tingkat tinggi seperti bahasa C dan BASIC. Penggunaan tiap bahasa memiliki keunggulan masing-masing, dengan bahasa tingkat tinggi seperti bahasa C dan BASIC memiliki keunggulan dalam kemudahan dan kecepatan dalam membuat program. Sedangkan dengan bahasa tingkat rendah seperti Assembly memiliki keunggulan dalam pengguaan memori mikrokontroler yang lebih sedikit sehingga selain menghemat memori, mikrokontroler juga dapat bekerja lebih cepat. Program yang ditulis dalam berbagai program tersebut kemudian akan dikompilasi menjadi data hexadecimal. Setelah program berbentuk hexadecimal maka program dapat ditulis dalam memori mikrokontroler. Untuk men